Molecular Docking merupakan metode utama komputasi dalam proses pencarian dan pengembagan obat. Prinsip dari metode ini adalah dengan mengikatkan ligan pada reseptor sehingga membentuk konformasi molekul kompleks. Metode molecular docking merupakan langkah awal pengembangan obat yang memiliki kelebihan cepat, tidak membutuhkan banyak biaya, aman, dan akurat.
Sebelum melakukan docking, hal yang perlu dilakukan adalah preparasi ligan. Preparasi ligan meliputi penambahan muatan, penambahan atom hidrogen dan pengaturan torsi. Setelah dilakukan proses preparasi, hasil preparasi tersebut disimpan dalam format PDBQT dan selanjutnya ligan tersebut dapat digunakan untuk proses molecular docking. Berikut merupakan langkah-langkah untuk persiapan ligan dan pembuatan berkas PDBQT ligan:
1. Mengunduh Senyawa yang Akan Diuji.
Pengunduhan senyawa dapat dilakukan dengan membuka situs pubchem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/). Pilih senyawa dalam bentuk 3D dan unduh dalam format SDF.
2. Mengubah Format Senyawa Menjadi PDB.
Format senyawa harus diubah ke dalam format PDB atau MOL agar dapat dipreparasi. Pengubahan format dapat dilakukan dengan aplikasi Open Babel.
3. Membuka Senyawa Uji atau Ligan di Aplikasi Autodock.
Setelah membuka aplikasi autodock lalu klik ligand kemudian klik open dan pilih senyawa uji yang telah diubah menjadi format PDB.
4. Penambahan Atom Hidrogen pada Ligan.
Penambahan atom hidrogen dilakukan dengan cara klik edit, klik hydrogen, klik add, kemudian pilih polar only.
5. Pengaturan Torsi pada Ligan.
Langkah awal untuk mengatur torsi adalah dengan klik ligand, klik torsion tree, pilih choose torsion, lalu klik done. Setelah itu, klik ligand kembali, klik torsion tree, kemudian pilih set number of torsion, pilih fewest atom, dan yang terakhir klik dismiss.
6. Simpan dalam Format PDBQT.
Klik ligand, klik output, pilih save as PDBQT dan beri nama senyawauji.pdbqt. Usahakan penamaan data tidak menggunakan jarak untuk menghindari kesalahan penulisan saat docking dan simpan data di penyimpanan :C karena docking akan dilakukan di penyimpanan :C.
Tidak ada komentar:
Posting Komentar